根据水晶的性质和原理，我们知道水晶在用过一段时间后都要做适当的清洗，否则水晶就会失去它所拥有的疗效功能。水晶从开采那一刻直到传递到您手中，途中经过不同人接触，水晶极可能已经累积了前人大量的负性能量。所以在佩戴和运用之前我们也需要先将其消磁清除其所累积的负性能量，达到最好的运用效果。消磁就指我们通常说的清洗或净化，其目的就是清除水晶所累积的自己或他人的负性能量，使水晶恢复其应有的能量状态，以便最好地发挥水晶的功效，为我们服务。
水晶怎么消磁净化：
1、紫晶洞净化法：紫晶洞都是如同白晶簇一样，是水晶母体，拥有强大的原始能量，而且通常紫晶洞所蕴藏的能量较其它水晶更为强大。这种方法效果很好，但是很不实用，也不经济，因为好的紫晶洞价格都不便宜。在使用上，只需每天下班后或睡前将佩戴的水晶放在紫晶洞里，一个紫晶洞可以同时对不同佩戴者的多件水晶进行消磁和补充能量，但注意请务必放稳且小心别碰伤或刮花心爱的水晶，第二天早上取出佩戴即可。
2、阳光消磁清洗法：将晶石放于可被阳光直接照射的位置，例如窗台及露台等；利用阳光直接照射，最好在早上到中午前左右的阳光是最适当，约2小时，如果不小心超过时间也没关系，但是一定要在日落前收回来(紫晶和粉晶不宜!会褪色)。因晶石在阳光照射下会产生聚焦作用，如在晶石附近摆放了纸张或其它可燃烧物品，会有引起火险的危险。所以用此方法，最好是用一个洁净的器皿，把水晶饰品放在里面，再放在阳光下晾晒。但此方法会令水晶推色，所以红色和紫色等有色水晶不可用此法。
3、月光星晨照射法：每逢农历十五月圆之夜，由于当夜是月亮的光芒特别强，正是晒石的好时机，晒石方法非常简单，将晶石放于露台或窗边，接受月光照射一晚的时间即可。此外，也可在天朗气清，星光闪闪的晚上，将晶石放在露台上，让它吸收星光的精华，以达到净化晶石的效果。但务必在第二天阳光猛烈的时候将水晶取回，以免阳光直射使水晶褪色，失去原本的光彩。
4、海盐埋藏法：将晶石直接埋藏于海盐( 或粗盐 )堆中约数小时，可净化晶石的磁场。以上两种消磁法的注意事项：(1) 如晶石是镶嵌在金属物中制成饰物，如戒子、吊咀等等，则请先将晶石拆离金属物才放进盐埋浸泡，否则会影响到金属物表面的色泽与亮度。(2) 请留意，此类清洗方法或会令到晶石的内含物在清洗后有所改变。
5、清水净化法：可以将晶石放在水龙头下冲洗约二十分钟，能平衡晶石的负性能量。
6、晶簇净化法：将晶石放在晶簇上面，透过晶簇发出的能量来为晶石充电、同时又能清除水晶的杂质，达到消解晶石磁场的效果。
7、泡盐水:要用海盐，也就是粗盐，用干净无污染的水去泡一晚，隔天再用干净的水冲干净，此法对于有金属或绳子的水晶来说，要少用，因为盐会侵蚀金属或绳子喔!干净的水可以选用一般的矿泉水或RO逆渗透或蒸馏水都可以。
8、亲近自然法:出游时，将水晶放在溪水中让它接近大自然，补充能量。
9、埋入土中:可以利用干净不会有污水流过的泥土，埋入约3-10天，因为土壤是具有生育的强力能力，而可以夺取毒素，并吹入巨大的能量;如果担心脏掉，可用植物纤维的布料予以包扎，再埋入土里。
10、埋入雪中:这也可以，只要是干净的雪，在大自然中的雨、雪、光、溪水等等，都可以让水晶净化。
11、利用晶簇:放在晶簇、晶洞中，利用品簇、晶洞释放之正磁场清除水晶的负能量，让它重新充电，放置时间约一晚左右即可。
12、天然水晶六角晶柱净化:六角晶柱他的尖端部份气场特别强，可以使用四根六角晶柱来作净化，也属于很有效的净化方式之一。首先，将四根六角晶柱的尖端朝内摆，四根分别摆饰方位，分别如东西南北这样的摆置，中间的位置则放置要净化的水晶，如此摆置一晚就可以了。
13、植物精油共振:采用与该水晶可以共振的植物精油，利用熏香瓶加热精油熏蒸(把水晶至于熏香瓶镂空盖上方2厘米左右处)水晶1小时，这是非常好的重新赋予宝石能量的方法。参见:水晶与植物精油的共振(一)、水晶与植物精油的共振(二)。
净化水晶的过程，虽然海盐效果奇佳，但正负能量一并消磁，海盐净化除必要性外尽量少用。比如用黑曜岩带右手常用来吸收身体排出的负能量、吸收病气，则用海盐净化比较合适;左手带黄水晶用来求财，则不该用海盐净化。
生病或情绪不佳时，会传递不佳的频率在水晶上，如果可以，最好暂时不戴水晶，当情绪好转或身体健康时赶快把水晶净化，免得较多的负能量与身体有过久的共振。
虽然有净化过，往家里某个位置一放，就经年累月不管了，常看到水晶上沾满了灰尘，甚而蜘蛛网，这中间若有过不愉快、吵架，保证频率会被水晶吸收且放大转换输出，本来偶尔吵架，买了水晶之后，变成常吵架，本来是应该善用水晶来改善家庭频率，水晶却变成负面的影响力，所以要每一个多月就净化一次。
家中的卧室应避免摆放水晶，除紫、白、粉三种水晶且尽量是呈水晶球或圆串珠，其余水晶不宜放在卧室。
